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对话论文作家，揭露商榷背后的故事。

整理|熊猫

开头|医学界感染频谈

2023年年底，中国呼吸谈疾病发病率有所加多，中国朔方地区的样疾病数目比以前三年讲述的数目还要多。这种激增可能归因于呼吸谈合胞病毒、流感病毒和肺炎支原体等常见病原体的传播[1]。

近日，发表在柳叶刀-微生物（IF：38.2）上的一则商榷[2]标明全基因测序或可揭示中国支原体肺炎流行近况。尽管中国2023年肺炎支原体病例较2022年权贵加多，然而当今中国探讨肺炎支原体的流行病学数据和耐药率数据仍然匮乏，这种数据的阑珊可能与会诊肺炎支原体存在挑战相干。这种会诊挑战的存在导致基于新一代测序技能的分子会诊成为可靠的会诊要害，因此或可用全基因测序揭示中国支原体肺炎流行近况。

本期，“医学界”有幸邀请到该商榷第一作家，来自浙江省邵逸夫病院的陈衍西席为各人看重解读，揭秘商榷背后的故事。

图1 文件截图

聚焦支原体肺炎感染近况，

早期会诊亟待终了

陈衍西席先容，其通过国度检测数据及临床不雅察，提防到自2023年10月中旬以来，我国呼吸谈病原体及呼吸谈病例增多，但具体的流行情况仍不天真。基于此，陈衍西席（浙江大学附属邵逸夫病院感染科）连合李曦西席（浙江省东谈主民病院考研科） 、傅鹰西席（浙江大学附属邵逸夫病院考研科） ，在俞云松西席（浙江大学附属邵逸夫病院感染科） 、周华西席（浙江大学附属第一病院呼吸科） 意料打算指导下，张开了本次基于基因组的多中心分子流行病学商榷。

从该项商榷数据中不错看到，多家三甲病院的肺炎支原体的检出阳性率照实是明显加多的（图2），而且总体方法与既往媒体报谈的时候点基本一致。

陈衍西席提到，由于当今临床上会诊肺炎支原体存在挑战，常用的肺炎支原体的PCR和血清学检测存在局限性，导致当今肺炎支原体的流行病学数据尤其是药敏数据匮乏，早期会诊和快速药敏决策亟待终了。

图2 肺炎支原体检测阳性率的变化趋势

总结性考据，

全基因测序或可揭示流行近况

陈衍西席团队从2021年6月到2023年12月时期，在中国七个地区的106名儿童和130名成东谈主中集结了236个肺炎支原体阳性呼吸谈样本，并对这些样本进行基于全基因组拿获测序的分子流行病学分析。

商榷终局披露：在236个样本中，有91个样本被以为顺应多位点序列分型 （MLST） 分析。而MLST分析领导：

1.序列类型 （ST） 3 （n=63；69.23%） 和ST14 （n=21；23.07%） 是主要的肺炎支原体菌株，其次是ST7 （n=7；7.69%） ；

2.中枢基因组MLST （cgMLST） 和MLST分析的整合促进了236个样本中149个样本的分型，其中ST3 （n=104；69.79%） 和ST14 （n=29；19.46%） 是最常见的，其次是ST7 （n=13；8.72%） ；

3.系统发育分析终局标明，全球流行的ST3 （P11型） 和ST14 （P12型） 肺炎支原体自2022年以来也一直在中国流行。

在236肺炎阳性样本中，168个样本产生了弥散的测序数据可闲适耐药突变分析 （图3） ，终局标明23SrRNA中大环内酯类耐药相干基因突变率为88.10%（n=148），其中A2063G突变频率最高 （n=148） 。

图3 23SrRNA A2063G突变在不同ST型和区域的肺炎支原体中的散布

陈衍西席也说起，既往流行病学看望数据以为肺炎支原体的流行和暴发可能存在周期性，有预测本应于2020年在寰宇畛域内暴发，之是以直到2023年10月中旬发病率才明显加多，可能与COVID-19时期疫情防控计谋颐养相干。是以在放宽COVID-19相干适度后，肺炎支原体等呼吸谈病原体感染发病率权贵升高，而且可发现大环内酯类耐药肺炎支原体克隆在中国大陆推广。该商榷强调了高通量全基因组测序四肢肺炎支原体流行病学会诊和分子流行病学监测的适用性。

基于当今支原体肺炎感染近况，陈衍西席对调节支原体肺炎也发表了我方的意见，其以为当今临床用于调节支原体肺炎药物主要为大环内酯类及多西环素类及喹诺酮类。而陈衍西席团队对肺炎支原体耐药突变的分析发现，肺炎支原体对大环内酯类相干的耐药突变率较高，推测大环内酯类药物调节支原体肺炎效果可能欠佳，从而导致临床上使用喹诺酮、四环素类药物频率增高。而当今临床上出现的新式四环素，也为升级药物提供了备选决策。

地域存在互异，

商榷局限瞻望多地相助

陈衍西席指出，由于当今病院对支原体培养检测较难给出其药物敏锐性数据，是以其团队商榷主要通过高通量测序新要害，去回首分析呼吸谈标本。该项商榷将传统的检测要害跟测序要害相勾搭，说明了肺炎支原体临床分离率和耐药率着实处于较高水平，而且陈衍西席团队通过多中心的样本数神话明了肺炎支原体克隆传播存在地区互异 （图4） 。

图4 A.我国不同地区肺炎支原体不同ST型的散布情况

B.不同ST型肺炎支原体的散布暗示图

不外陈衍西席也冷落，其商榷存在两方面局限性。第一，该商榷主要通过总结性使用这些呼吸谈的标本，比起前瞻性商榷，可能会存在一些采 样简略是标原本源偏倚。第二，该项商榷数据纳入不及，部分地区的分析终局不及以代表每个地区。

终末，谈及团队异日的商榷场所，陈衍西席显露但愿通过利用高通量全基因组测序等新式用具，及时、速即地开展前瞻性的病原体分子流行病学商榷。

众人先容

陈衍 医学博士

特聘商榷员、副主任医生、博士生导师

课题组主要摆布高通量测序、基因敲除、动物感染模子、机器学习等技能技能商榷临床常见耐药菌的耐药及毒力机制。

职责经验：

2014/08-于今，浙江大学医学院附属邵逸夫病院，感染科、病院感染解决科

社会兼职及奖项：

中华医学会感染病学分会后生委员

中国医药栽植协会感染专科委员会（IDSC)后生委员会副组长

中国医药栽植协会抗感染药物评价与解决分会委员会委员

中国医药栽植协会智能医学专科委员会县域医共体智能学组委员

浙江省卫生高等次东谈主才医坛少壮

浙江省抗疫优秀后生感染科医生

学术遵守：

第一及通信作家身份在Nature Communications、Lancet Infect Dis、J Infect Dis、Emerg Infect Dis、Clin Infect Dis等微生物主流杂志发表SCI著作30余篇，单篇最高援用次数为180余次。2011、2017年2次荣获“中国百篇最具影响海外学术论文”。

担任Lancet Microbe、Frontier Microbiology、BMC Infectious Diseases等杂志审稿东谈主。

频年来共主捏国度当然科学基金神情2项，浙江省当然科学基金等省部级神情1项。

领有1项机器学习视觉分析国度发明专利。

参考文件：

[1]Parums DV. Editorial: Outbreaks of Post-Pandemic Childhood Pneumonia and the Re-Emergence of Endemic Respiratory Infections. Med Sci Monit. 2023 Dec 1;29:e943312. doi: 10.12659/MSM.943312. PMID: 38037346; PMCID: PMC10702145.

[2]Chen Y, Li X, Fu Y, Yu Y, Zhou H. Whole-genome sequencing unveils the outbreak of Mycoplasma pneumoniae. Lancet Microbe. 2024 Apr 17:S2666-5247(24)00086-7. doi: 10.1016/S2666-5247(24)00086-7. Epub ahead of print. PMID: 38642565.

*“医学界”勤恳所发阐述实专科、可靠，但区分现实的准确性作念出首肯；请相干各方在继承或以此四肢决策依据时另行核查。